口袋妖怪粉絲遊戲允許創意遊戲製作者設計全新的定制冒險，通常以假怪物、新地區、新故事情節和新遊戲模式為特色。擺脫了之前的限制，同人遊戲可以自由地對口袋妖怪公式進行自己的改造，從而產生充滿自定義功能和生活質量附加內容的遊戲，有時使它們比該系列中的主線遊戲更有趣。
大多數 Pokemon 粉絲遊戲都是使用 Pokemon Essentials 工具包在 RPG Maker XP 中製作的，該工具包使創作者能夠訪問模仿該系列主線遊戲的腳本，同時也讓他們可以自由地改變遊戲的外觀和感覺，而 Pokemon ROM 黑客根本無法做到這一點。考慮到社區的規模以及多年來對這些項目投入的愛心，選擇最好的神奇寶貝粉絲遊戲 這不是一件容易的事。
口袋妖怪重生
功能豐富、故事驅動的冒險
口袋妖怪重生是一款難度較高、敘事驅動的同人遊戲，以其成熟的主題、豐富的內容和錯綜複雜的謎題而聞名。該遊戲設有一個新區域，包含第七代以下的所有神奇寶貝，以及獨特的場效應和地形系統，這些系統會極大地改變戰鬥遭遇，為戰鬥增加新的深度。
Reborn 擁有 21 個入門者、18 個道館、定制閃亮物品以及更多生活質量附加功能，使其成為有史以來最受歡迎的 Pokemon 粉絲遊戲之一。對於那些尋求挑戰的人來說，該遊戲甚至有一個內置的 Nuzlocke 模式，不過，考慮到其具有挑戰性的性質，它比普通的口袋妖怪遊戲更難擊敗。
精靈寶可夢 Realidea 系統
具有現代功能的完整包裝
精靈寶可夢 Realidea 系統是視覺呈現的大師級作品，使用巧妙的燈光和霧效果將平淡的口袋妖怪配色方案提升到令人難以置信的高度。 Realidea System 最初僅作為西班牙語粉絲遊戲發布，後來又推出了英文版本，讓更廣泛的社區能夠享受到它所提供的內容。
該遊戲以名為 Esoteria 的地區為背景，要求玩家收集 8 個道館徽章並挑戰聯盟，這是傳統的口袋妖怪之旅，但隨著故事的進展，會出現一些扭曲。 Fakemon 在 Realidea System 中佔有重要地位，所有動畫戰鬥精靈和攻擊都將它們完全集成到遊戲中。加速、跳過對話、改變自然、自由移動重新學習等生活質量功能使體驗更加簡化。
口袋盜賊
口袋妖怪戰鬥的 Roguelite 風格
口袋盜賊是一款獨特的同人遊戲，徹底顛覆了典型的探索、收集和戰鬥模式。 PokeRogue 不是經典的 Pokemon 聯盟挑戰，而是一款 Roguelite 遊戲，其中每次“奔跑”都是一系列無休止的隨機戰鬥，玩家必須完成這些戰鬥才能進入下一階段。
在 Pokerogue 中擊敗 Pokemon 後，玩家可以在三種隨機獎勵中進行選擇。像藥水、精靈球和持有物品這樣的東西只能通過這種方式獲得。在奔跑過程中捕獲一隻神奇寶貝會將其解鎖為起始者，其性質、EV 和 IV 與捕獲的 mon 完全相同，從而激勵多次捕獲。
口袋妖怪無限融合
無限融合系統帶來無限可玩性
口袋妖怪無限融合也許是有史以來技術上最令人印象深刻的同人遊戲。在其中，任何兩個神奇寶貝都可以融合在一起創建一個新的神奇寶貝，它具有新的精靈、統計分佈和獨特的特徵，使它們脫穎而出。
Pokemon Infinite Fusion 的基本版本具有近 200,000 個自定義精靈，並且通過新的更新和社區貢獻添加了更多精靈。包含 400 個第 1 代至第 5 代的 Pokemon，內置遭遇隨機發生器，帶來更多樂趣。考慮到玩家在《無限融合》中可以創造的融合數量之多，沒有兩次運行是相同的。
口袋妖怪異世界
一款精美的專業級粉絲遊戲
口袋妖怪異世界是目前可供下載的最精緻、高品質的同人遊戲之一，在名為 Eldiw 的全新區域中擁有超過 500 個假精靈和原創 Pokemon。此外，遊戲還採用了聲音類型，這是一種全新的、完全集成的打字方式，為戰鬥增添了另一個維度。
最重要的是，《Xenoverse》可能擁有有史以來粉絲遊戲中最令人印象深刻的過場動畫，其特點是全動畫動作序列，像動漫片段一樣播放，將游戲的故事帶入生活。遊戲的另一個亮點是 X Pokemon，這是現有 Pokemon 的特殊區域變體，具有不同的類型、顏色和動作，貫穿始終。
口袋妖怪鈾
口袋妖怪鈾是該系列最著名的粉絲遊戲之一，當它的開發被任天堂直接關閉時，它就進入了聚光燈下。幸運的是，儘管被下架，《口袋妖怪鈾》仍然活躍，這要歸功於熱心的社區成員和粉絲承擔了添加新內容和更新的任務，幫助遊戲到達了終點線。
Uranium 是一款視覺效果令人印象深刻的同人遊戲，背景設定在巴西風格的 Tandor 地區，擁有 160 多個 Fakemon 和一小部分原創 Pokemon。玩家們將在新地區接受經典的道館挑戰，包括 8 個道館、一個精英四人組和一個冠軍，為自己加冕為該地區最好的訓練師。
口袋妖怪無限
功能豐富、奇妙的口袋妖怪冒險
口袋妖怪無限是一款以全新 Egho 地區為背景的華麗同人遊戲。它具有第 1-6 代 Pokemon、100 多個新假精靈、引人入勝的故事情節、令人驚嘆的視覺效果、自定義動畫和更新的戰鬥 UI。這些功能共同創造了有史以來最令人難忘的口袋妖怪粉絲遊戲之一，使其成為此列表的一個簡單選擇。
此外，玩家還可以通過選擇遊戲模式來定制他們的 Pokemon Infinity 體驗，其中包括內置隨機發生器、多種 Nuzlocke 模式、等級上限、單色挑戰等等。
口袋妖怪九重天
具有電影視覺風格的第三代美學
口袋妖怪九重天是該領域最精緻、功能最齊全的粉絲遊戲之一，具有華麗的第三代風格，並通過巧妙的燈光添加提升，賦予其電影般的感覺。諸如移除 HM、更新的菜單系統和多個包袋等生活質量功能簡化了體驗，讓玩家能夠更加專注於遊戲玩法。
Empyrean 包含第 7 代之前的所有 Pokemon，包括傳奇和地區變種。遊戲有一個橫跨兩個地區的成熟故事情節，從邪惡團隊沃爾德夫集團的殘餘分子綁架了主角的父親開始，這給了英雄踏上旅程的動力。
口袋妖怪先鋒隊
超過 270 個假獸和地區變體
口袋妖怪先鋒隊也稱為“先鋒計劃”，故事發生在虛構的艾雷地區，那裡的訓練師只有在經過嚴格的測試後才能獲得執照，並負責保護該地區免受不遵守現行法律的流氓訓練師的侵害。玩家將在先鋒學院開始他們的旅程，這是一所供訓練師學習和成長的學校，一路上變得更強。
《Pokemon Vanguard》具有華麗的藝術風格、可供探索的巨大地圖、270 多個假怪獸和區域變體，以及足夠的輔助內容，可以讓您花上數十個小時。此外，遊戲還包括遊戲內加速、口袋妖怪性質和統計選擇器等工具，以減少研磨要求。
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口袋妖怪叛亂
對於那些尋求挑戰的人來說，這是一款困難的粉絲遊戲
口袋妖怪叛亂是一款大型粉絲遊戲，擁有大量內容、多種難度模式、Nuzlocke、Iron Man、Solo Run 和 Randomizer 等挑戰模式。該遊戲包含第 6 代之前的所有 Pokemon，包括定制的 Mega Evolutions。遊戲的亮點是 Delta 形態，這是現有 Pokemon 的替代形態，具有新的類型、動作和顏色。
除了其豐富的故事內容（可輕鬆容納數十小時的內容）之外，該遊戲還具有交易和玩家可以訪問的可定制好友庫等在線功能，使其成為僅有的具有此功能的同人遊戲之一。